Der präventive Einsatz chemisch-synthetischer (allopathischer) Arzneimittel (zum Beispiel Antibiotika) ist nicht erlaubt, der Einsatz von Antiparasitika und von Impfstoffen schon. Auch die Reinigung und Desinfektion ist nur mit den laut EU-Rechtsvorschriften für den ökologischen Landbau zugelassenen Mitteln erlaubt.
Die Kastration von männlichen Ferkeln ohne Betäubung bei Tieren war bis zu einem Alter von acht Tagen auch im Ökolandbau noch erlaubt, es musste jedoch ein Schmerzmittel verabreicht werden. Einige ökologische Anbauverbände schrieben in ihren Richtlinien eine Betäubung verbindlich vor, jedoch haben sich zahlreiche ökologische Ferkelzüchter freiwillig dazu entschieden, die Ferkel vor dem Eingriff zu betäuben. Seit dem 01. Januar 2021 ist die Kastration per Gesetz nur noch unter Narkose erlaubt.
